现代医疗机构，也像企业一样，需要转型知识化组织，并注重决策。为了提升工作效率，一般企业导入知识管理系统强化文件管理与窗体作业流程，为了提高服务品质，企业必须以更快的速度、精确掌握市场动态，了解客户，并做出响应与服务的决策。在竞争激烈的今日，这些法则也都适用于医疗业中的医院或药厂。
医院e化普及度愈高，内部通讯的系统必须要有高度稳定度。另一方面，医疗院所也都极思导入各种商业应用系统，希望把数据变成决策的信息。将得到的各种有意义的信息归纳、整理，以对病患的健康状况作更全面，更多面向的了解，作为未来防范、宣导的卫教政策参考之依据。
但随着服务的病例增多，或是资料来源太多，大量资料一方面成了医院最重要资产，一方面也成为医疗信息系统数据库的最大挑战，也就是稳定度与延展性问题。
有鉴于此，台湾行政院卫生署所规划的信息系统软件架构大致上可以区分为：医疗管理信息系统、医务行政管理信息系统、一般行政管理信息系统，其它支持系统以及建构在这些信息系统之上的医院高阶管理信息系统EIS（Executive Information System）。
1．医疗管理信息系统
（1）门诊管理系统一包含挂号管理，门诊批价收费管理、门诊医令系统、健康检查管理、急诊检伤分类管理。
（2）住院管理系统-包含住院管理、住院批价收费管理、住院医令系统、护站管理、营养管理、长期照护（护理之家、日间照护、居家护理）。
（3）医疗业务系统一包含检验管理系统、放射线管理系统、血库管理、开刀房管理、药品管理、卫才管理、库存稽核（自动供补）.院内感染控制、个案治疗、转介治疗。
2．医务行政管理信息系统
包含疾病分统计管理、病历管理、保险特约（门诊、住院申报）、健保申复管理、案件分类管理。社工管理、医学研究统计。
3．一般行政管理信息系统一包含人事薪资管理、财产管理、会计管理系统（含成本会计）．采购管理、奖励金管理，图书管理、差勤管理、公文流程管理。
4．其它支持系统
（1）在已完成部份：计算机语音挂号系统，因特网挂号系统，检验仪器连线作业。
（2）建构中且已在部份医疗院所上线之部份：病历电子化上网查询系统、医疗影像传输（PACS）系统。
5．医院高阶主管信息系统（Executive Information System；EIS）
当全院所有相关的信息系统完成上线之后，可以运用信息科技，在尽可能降低人工操作的配合下，对于院内数据库数据加以分析、统计，对于异质数据库加以整合，配合成本会计分析产生操作简易，以图形使用者界面（Graphic User Interface；GUI）表示的实时医院管理信息平台。例如：营运状况分析（Operation Analysis）、财务分析（Financial Analysis），营运趋势分析（TrendAnalysis）、人力资源分析（Human Resource Analysis），行销分析（Marketing Analysis）、危机管理分析（Risk Management Analysis）、临床医疗品质分析（Clinical Quality Analysis）等，以建立医院营运管理模式与架构。
然后，将相关的营运管理之成本分析数据，加以汇集至计算机主机，提供医院营运管理分析以了解其营运之状况与营运趋势之参考，并藉由各式营运分析数据，提供医院经营规划决策之用.以提升其竞争力。总观其全貌，以上的经验或可做为我们在协助我们的医院客户导入应用系统时之参考与建议。