現代醫療機構，也像企業一樣，需要轉型知識化組織，並注重決策。爲了提升工作效率，一般企業導入知識管理繫統強化文件管理與窗體作業流程，爲了提高服務品質，企業必須以更快的速度、精確掌握市場動態，了解客戶，並做出響應與服務的決策。在競爭激烈的今日，這些法則也都適用于醫療業中的醫院或藥廠。
醫院e化普及度愈高，內部通訊的繫統必須要有高度穩定度。另一方面，醫療院所也都極思導入各種商業應用繫統，希望把數據變成決策的信息。將得到的各種有意義的信息歸納、整理，以對病患的健康狀況作更全面，更多面向的了解，作爲未來防範、宣導的衛教政策參考之依據。
但隨著服務的病例增多，或是資料來源太多，大量資料一方面成了醫院最重要資産，一方面也成爲醫療信息繫統數據庫的最大挑戰，也就是穩定度與延展性問題。
有鑒于此，台灣行政院衛生署所規劃的信息繫統軟件架構大致上可以區分爲：醫療管理信息繫統、醫務行政管理信息繫統、一般行政管理信息繫統，其它支持繫統以及建構在這些信息繫統之上的醫院高階管理信息繫統EIS（Executive Information System）。
1．醫療管理信息繫統
（1）門診管理繫統一包含挂號管理，門診批價收費管理、門診醫令繫統、健康檢查管理、急診檢傷分類管理。
（2）住院管理繫統-包含住院管理、住院批價收費管理、住院醫令繫統、護站管理、營養管理、長期照護（護理之家、日間照護、居家護理）。
（3）醫療業務繫統一包含檢驗管理繫統、放射線管理繫統、血庫管理、開刀房管理、藥品管理、衛才管理、庫存稽核（自動供補）.院內感染控制、個案治療、轉介治療。
2．醫務行政管理信息繫統
包含疾病分統計管理、病曆管理、保險特約（門診、住院申報）、健保申複管理、案件分類管理。社工管理、醫學研究統計。
3．一般行政管理信息繫統一包含人事薪資管理、財産管理、會計管理繫統（含成本會計）．采購管理、獎勵金管理，圖書管理、差勤管理、公文流程管理。
4．其它支持繫統
（1）在已完成部份：計算機語音挂號繫統，因特網挂號繫統，檢驗儀器連線作業。
（2）建構中且已在部份醫療院所上線之部份：病曆電子化上網查詢繫統、醫療影像傳輸（PACS）繫統。
5．醫院高階主管信息繫統（Executive Information System；EIS）
當全院所有相關的信息繫統完成上線之後，可以運用信息科技，在盡可能降低人工操作的配合下，對于院內數據庫數據加以分析、統計，對于異質數據庫加以整合，配合成本會計分析産生操作簡易，以圖形使用者界面（Graphic User Interface；GUI）表示的實時醫院管理信息平台。例如：營運狀況分析（Operation Analysis）、財務分析（Financial Analysis），營運趨勢分析（TrendAnalysis）、人力資源分析（Human Resource Analysis），行銷分析（Marketing Analysis）、危機管理分析（Risk Management Analysis）、臨床醫療品質分析（Clinical Quality Analysis）等，以建立醫院營運管理模式與架構。
然後，將相關的營運管理之成本分析數據，加以彙集至計算機主機，提供醫院營運管理分析以了解其營運之狀況與營運趨勢之參考，並藉由各式營運分析數據，提供醫院經營規劃決策之用.以提升其競爭力。總觀其全貌，以上的經驗或可做爲我們在協助我們的醫院客戶導入應用繫統時之參考與建議。